Jykesin hallitus käsittelee seudun elinkeinotoimeen ja Jykesin toimintaan liittyviä asioita. Hallitus kokoontuu kerran kuukaudessa. Jykesin työvaliokunta valmistelee hallituksen käsittelyyn meneviä asioita. Työvaliokunta kokoontuu myös kerran kuukaudessa viikkoa ennen hallituksen kokousta.